Дело Магнитского направлено в Следственный департамент МВД (до реформы - следственный комитет при МВД), который в свою очередь поручил закончить расследование следственной части Главного управления МВД по Центральному федеральному округу. В Следственном департаменте "Коммерсанту" сообщили, что расследование не займет много времени, поскольку дело было закрыто на стадии завершения.

Адвокат Дмитрий Харитонов, представляющий интересы родственников Магнитского, рассчитывает, что после окончания расследования юрист будет полностью реабилитирован. По его словам, если дело снова закроют по нереабилитирующим основаниям, защита обратится в суд.

В соответствии с решением Конституционного суда РФ, которого добились представители родственников погибшей в ДТП на Ленинском проспекте Ольги Александриной, следствие должно передать материалы дела в суд, даже в случае смерти подозреваемого. Кроме того, теперь сторона защиты получила право представлять доказательства невиновности, которые появились уже после закрытия дела.

Сергей Магнитский умер 16 ноября 2009 года в СИЗО "Матросская тишина", куда его привезли из "Бутырки" после ухудшения состояния. Официальной причиной смерти была названа сердечная недостаточность, однако родственники и коллеги юриста сразу настаивали на том, что Магнитский умер от панкреонекроза из-за неоказания ему медицинской помощи. В связи со смертью юриста на врача "Бутырки" Ларису Литвинову и бывшего заместителя начальника изолятора Дмитрия Кратова завели уголовные дела.

В СИЗО Магнитский находился как обвиняемый по делу о неуплате налогов. По версии следствия, он помогал Hermitage Capital уходить от налога на прибыль и дивиденды, в результате чего бюджет недополучил 500 миллионов рублей. В то же время по мнению коллег юриста, его посадили из-за того, что он раскрыл схему хищения сотрудниками правоохранительных органов 5,4 миллиарда рублей из бюджета.